工程专业认证体系主要包括以下几种：

ISO9001质量管理体系认证：

这是一个基础型的标准，适用于生产型企业、服务性行业、中介公司、销售公司等各种组织，旨在确保组织在质量管理方面达到国际标准，适用于各行各业。

ISO14001环境管理体系认证：

该认证适用于任何组织，包括企业、事业及相关政府单位，通过认证后可证明该组织在环境管理方面达到了国际水平，能够确保对企业各过程、产品及活动中的各类污染物控制达到相关要求，给企业树立良好的社会形象。

ISO45001职业健康安全管理体系认证：

这是国际性的安全及卫生管理系统验证标准，是原职业健康及安全管理体系（OHSAS18001）的新版本，目的是通过管理减少及防止因意外而导致生命、财产、时间的损失，以及对环境的破坏。

GB/T50430工程施工质量管理体系：

这是中国特有的工程施工质量管理体系，涵盖了认证办法、认证标准（通用标准+补充标准）、认证机构与程序、认证专家管理办法、专家现场考察及学校认证工作指南等内容。

中国工程教育专业认证体系：

该体系包括认证办法、认证标准（通用标准+补充标准）、认证机构与程序、认证专家管理办法、专家现场考察及学校认证工作指南等，具有中国特色和国际实质等效性。

美国、英国和中国台湾地区工程技术类专业认证体系：

这些认证体系在认证机构、标准、目标等方面存在相似之处，都强调以学生为中心，并将"是否有利于学生预期目标的达成"作为评判的重要依据，且都是获教育主管部门认可的非官方、非盈利的社会组织。

综上所述，工程专业认证体系涵盖了质量管理体系、环境管理体系、职业健康安全管理体系以及针对工程施工领域的专项认证。此外，不同国家和地区还有自己独特的认证体系，如中国的工程教育专业认证体系。这些认证体系共同推动了工程行业的质量管理和持续改进。