工程退款程序的规定主要涉及以下几个方面：

协商退款数额及方式

双方当事人可以通过协商确定退款的数额和方式。

共同核对工程款的支付记录，确认多付的款项可以直接退回或抵扣后续工程款。

工程质保金退还

当合同约定的质保期限到期且无质量问题争议时，承包方可以向建设方提交退还质保金的函件，并附上工程回访单等相关证明文件。

质保金管理部门在审核相关资料后，确定返还金额和形式，并通知财务部办理相关手续。

工程质量保证金退还流程

建设单位向住建局质检部门提出申请。

经城区物业管理办公室签署退还意见并加盖章印后，返还至质监部门。

在公告期限内无反映问题时，物业确认并签字报综合科复核无异议后盖章返还至住建局质监部门。

对存在反映问题的，由物管科统计整理后，责成开发建设单位进行维修，维修合格并经反映业主签字、物业盖章确认后，按程序履行。

退款时间规定

建设单位在接到施工单位返还保证金申请后，应于14日内会同施工单位按照合同约定的内容进行核实。

如无异议，建设单位应在核实后14日内将保证金返还给施工单位，逾期支付的，需支付利息并承担违约责任。

争议处理

发包人和承包人对保证金预留、返还以及工程维修质量、费用有争议的，按承包合同约定的争议和纠纷解决程序处理。

这些规定旨在确保工程款项的合理退还，保障双方当事人的合法权益，并明确在退款过程中应遵循的程序和期限。建议在实际操作中，各方应严格按照规定执行，并在遇到问题时及时沟通协商，以确保退款流程的顺利进行。