芯片工程师的缺点主要包括以下几点：

对基本理论概念不清楚：

国内芯片科研存在对基本理论概念不清楚的问题，这可能导致研发过程中出现根本性的错误。

对现代科学技术及世界发展水平缺乏了解：

芯片工程师若缺乏对现代科学技术和世界发展水平的深入了解，可能会导致研发方向和技术选择上的失误。

实际工程经营太缺乏：

芯片研发需要大量的实际工程经验，缺乏这些经验可能导致项目延期或失败。

缺少自主性和创造性：

在芯片设计过程中，缺乏自主性和创造性可能限制了芯片的性能和竞争力。

加班能力不足：

对于40多岁的芯片公司工程师来说，加班能力可能不如年轻工程师，而新来的工程师在面对复杂代码时可能会感到困惑，导致项目出现问题。

代码稳定性问题：

芯片公司通常会尽量保持现有代码的稳定性，避免不必要的更改，但这也可能导致新工程师踩到前人的“坑”，导致项目出问题。

设计灵活性问题：

随着芯片设备尺寸的不断缩小，设计的灵活性受到限制，工程师在设计过程中需要展现出极高的预见能力，并且一旦设计完成，修改或增强变得非常困难。

安全性问题：

编程芯片的安全性是一个重要问题，芯片上存储着重要的数据和程序，一旦遭到攻击或篡改，可能会导致严重的后果。

高成本：

编程芯片的研发和制造成本较高，这主要是由于设计和制造过程需要高度精确的设备和材料，以及特定应用的定制芯片所需的额外投入。

这些缺点反映了芯片工程师在职业发展中需要面对的挑战和问题，也为芯片行业的进步和工程师的个人成长提供了改进的方向。