承包工程中，承包人可选择的补偿方式包括以下几种：
协商解决
承包人可以与发包人进行协商，以达成赔偿协议。这种方式适用于双方对赔偿事项有明确共识的情况。
申请调解
若协商无果，承包人可以向有关调解机构提出申请，通过调解来解决赔偿纠纷。
仲裁
若合同中有仲裁条款或双方签订了仲裁协议，承包人可以根据约定向仲裁机构申请仲裁，以解决赔偿争议。
诉讼
若协商、调解或仲裁均无法解决赔偿问题，承包人可以向法院提起诉讼，通过司法途径来维护自身权益。
依据合同约定
承包人还可以依据工程合同的约定，要求发包人承担相应的赔偿责任。合同中的条款通常会明确双方的权利和义务，包括赔偿的范围和方式。
工程折价或拍卖
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，承包人在工程未竣工但质量合格的情况下，有权请求将其承建的工程部分折价，或请求法院拍卖工程，并就所得价款优先受偿。
建议
在实际工程中，承包人应首先尝试通过协商或调解解决赔偿问题，以节省时间和成本。若这些方法均无效，再考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来维护自身权益。同时，承包人在签订合同时，应仔细审查合同条款，明确约定赔偿事项和方式，以便在发生争议时有明确的依据。
