工程涉税问题主要包括以下几个方面：
生产经营复杂多样，普遍存在发票违法风险
在施工过程中，企业可能低价从个人或个体户处购买材料，这些个人和个体户通常不开发票，导致企业无法抵扣增值税和企业所得税，增加了税收负担和接受虚开发票的动机。
取得发票类型众多，可能会误收误抵
由于业务多样性，企业取得的增值税发票类型包括材料、劳务、分包、机械设备租赁发票等。财务人员可能将不能抵扣的发票错误地进行了抵扣，导致在税务检查时必须作进项税额转出和成本调增，增加了补税的风险。
建筑用工模式导致虚假申报
自有施工队模式可能少申报工人个税，导致没有报个税的人支出的工资成本不能抵减企业所得税。
包工头负责的零散用工模式存在劳务支出与工资支出混同的风险，可能导致劳务费与工资薪金混淆，被检查时需要更正个税并可能调增成本补企业所得税。
劳务外包或劳务派遣模式存在多入成本、虚开发票的风险，如分包发票与实际工程量不符。
擦边结算方式，导致延期纳税
项目结算和付款滞后导致企业不能按项目进度及时确认收入，影响增值税的及时缴纳。
预收工程款的涉税问题
建筑企业预收工程款的当天不发生增值税纳税义务，预收工程款应使用“未发生销售行为的不征税项目”编码，发票税率栏应填写“不征税”。
在建工程转让的涉税分析
转让方需缴纳增值税及附加税费，具体税率根据工程项目的不同阶段（如土地使用权转让、建筑物转让）分别为销售不动产的税率。
转让方还需缴纳土地增值税，计算土地增值税时的扣除项目需符合相关规定。
合同中的税率等涉税条款如何约定
合同中应明确具体税率、税率调整、税款支付、违约责任及争议解决等内容，以确保双方按时足额支付税款。
增值税销售额的及时性
销售额的及时性是税务检查的重点，企业需确保在收到工程进度款或开具发票时及时确认收入，避免因工程款滞后支付导致增值税销售收入确认不及时。
取得预收款项未按规定预缴税款
建筑企业应在收到预收款时预缴增值税，跨市跨省项目需在建筑服务发生地预缴税款，未按时预缴税款可能导致滞纳风险。
建筑劳务收入确认不及时
企业需及时确认建筑劳务收入，避免因收入确认滞后产生税款滞纳风险。
缺失合规合法的税前扣除发票
企业应选择合规的供应商，确保取得的发票合规有效，避免因发票问题影响成本费用支出的抵扣。
环境保护税的缴纳
施工企业需按规定计算并缴纳环境保护税，按月确定工程量，按季度申报缴纳。
以上是工程涉税问题的主要内容，建议企业加强内部管理和风险控制，确保合法合规经营，降低税务风险。
