寺庙保护工程主要包括以下几个方面：
文物保护工程
对具有文物价值的古文化遗址、古墓葬、古建筑、石窟寺、古石刻、古壁画、近代现代重要史迹和代表性建筑等不可移动文物实施的保护工程。这包括保养维护工程、抢险加固工程、修缮工程、保护性设施建设工程、迁移工程等。文物保护工程必须遵守“不改变文物原状”和“最小干预”的原则，全面地保存、延续文物的真实历史信息和价值。
寺院基础设施改造工程
主要包括寺院中路、北路、南路的道路改造，铺设集中供暖管道、给排水管道，改造巷道、广场、供电系统和环卫设施等。此外，还包括以通水、通电、通路为重点的基础设施建设工程，使所有寺院实现安全饮水、安全用电和道路通达。
宗教教职人员社会保障工程
积极推动宗教教职人员基本养老、基本医疗、最低生活保障、农村五保供养等社会保障工作，并积极探索寺院宗教教职人员养老途径和模式。
宗教教职人员危房改造工程
按照相关标准，对宗教教职人员居住的危房进行维修改造，并提供相应的补助资金。
寺院文物本体建筑抢救性保护工程
由省级财政设立专项资金，加大抢救维修投入力度，对寺院文物本体建筑进行抢救性保护。
寺院危殿堂维修加固工程
对鉴定为C、D级危房的殿堂进行维修加固，消除安全隐患，保护寺院宗教教职人员和信教群众的生命财产安全。
寺院公共服务建设工程
加快建设以寺院民管会办公室、文化活动室为主的寺院综合服务站，视情建设医务室，加快广播电视设施、图书报刊、文体器材进寺院的步伐。
这些工程旨在全面保护和改善寺庙的建筑、文化、基础设施和社会服务功能，确保寺庙的可持续发展。
