二本生物工程类专业主要包括以下几种：
生物工程：
这是生物工程类专业的基础专业，涵盖了生物学、化学、工程学等多个学科的知识，培养学生具备生物工程领域的基本理论和技能。
生物制药：
该专业侧重于生物技术和制药技术的结合，培养学生能够从事生物药物的研究、开发、生产和管理等工作。
合成生物学：
这是一门新兴学科，关注生物体的合成过程，通过设计和构建新的生物系统来实现特定的功能，培养学生具备合成生物学的基本理论和实验技能。
细胞工程：
研究细胞培养、细胞操作和细胞遗传操作等技术，培养学生能够进行细胞工程相关的研究和应用开发。
微生物工程 （发酵工程）：主要研究微生物的发酵过程及其在食品、医药、化工等领域的应用，培养学生具备微生物工程的基本理论和操作技能。
基因工程：
研究基因的操作和改造，培养学生能够进行基因工程相关的研究和应用开发。
蛋白质工程：
研究蛋白质的结构和功能，通过基因工程手段进行蛋白质的设计和改造，培养学生具备蛋白质工程的基本理论和实验技能。
生物信息学：
利用计算机科学和数学方法分析生物学数据，培养学生具备生物信息学的基本理论和应用能力。
这些专业在二本院校中通常会有不同的专业代码和学制安排，具体信息可以参考各高校的招生专业目录和相关文件。建议在选择专业时，结合自己的兴趣和职业规划，详细了解各个专业的课程设置和就业前景，以便做出更为明智的选择。
