工程菌种具有多种用途，主要包括以下几个方面：

治理海洋石油泄漏

通过生物工程技术将多种微生物的降解性基因组装到一个细胞中，制成工程菌株。这些菌株能够降解多种化合物，用于治理海洋石油泄漏事故。

生产基因工程药物

将人的胰岛素基因等外源基因导入大肠杆菌等微生物细胞中，使其表达出所需的蛋白质，如胰岛素、细胞因子、抗体、疫苗、激素和抗生素等。这种基因工程菌在医药行业有广泛应用。

热加工和新材料开发

在热加工、水泥、建材行业等领域，工程菌可用于小型工件的热处理或处理，例如加热小型精密陶瓷，以及新材料的开发。

发酵工程

工程菌在发酵工程中可以提高发酵效率，应用于食品、能源、化工等行业。

疾病诊断与治疗

利用基因工程技术，工程菌可以用于疾病的诊断和治疗。例如，通过基因编辑技术选择性杀死细菌，或利用细菌作为载体将药物运输到特定位置。

工程菌在动物研究中已在肿瘤、炎症性肠病、糖尿病和神经退行性疾病等领域取得初步成效，部分研究成果已进入临床试验阶段。

环境保护与污水处理

工程菌在污水处理和环境保护方面发挥重要作用，可以用于处理工业废水、农业灌溉水净化等，提高水质，减少环境污染。

农业领域

工程菌可用于提高作物的抗病、虫害能力，减少农药用量，增加产量。例如，通过基因工程构建表达抗病、虫基因的共生植物。

食品工业

水处理菌种用于食品废水的处理，降解有机物和油脂，减少废水对环境的污染。

合成生物学应用

通过基因工程将外源基因导入微生物中，使其表达特定的功能，如生产尿酸氧化酶，用于治疗高尿酸血症。

综上所述，工程菌种在多个领域都有广泛的应用，从环境保护到医药生产，再到农业和食品工业，都显示出其重要的经济和社会价值。随着技术的不断进步，工程菌的应用前景将更加广阔。