工程审计滞后的原因可以从多个方面进行分析：

审计工作介入滞后

建设项目施工周期较长，一般在建成之后才进行工程结算的审计工作。审计人员对所审项目不了解，往往依据送审资料进行工程结算的审核，特别是隐蔽工程部分，只能依靠隐蔽工程签证单来计算工程量。但实际工作中，甲乙双方容易串通一气，合伙欺骗审计人员，以达到骗取国家建设资金之目的。

建设项目管理混乱

在施工现场管理工作中，在人员组织、工作制度等方面，没有可行的具体工作标准，管理混乱。虽然拥有程监理制、招标投标制、合同管理制以及财务制度，但未能有效确切的去执行，这些方面的欠缺，无疑增加了项目审计的难度。

内部审计观念落后

由于我国长期以来，在工程领域一直都是以财务收支审计为主，很少问及工程管理和内部控制，导致工程管理单位人员对内部审计存在偏见，认为工程项目内部审计只是财务收支审计。很多人对开展内部审计的必要性缺乏全面的认识，对内审工作不够重视。只知道内审的约束作用，不了解内审的服务和保护作用，认为内审工作可有可无。

内部审计机构独立性差

独立性是内部审计的基本特征，而内部审计在组织、人事关系和经费来源方面都隶属于本系统或本单位，内部审计审什么、怎么审、审计结果如何处理、审计建议能否落实等都要受予被审计单位同属一个系统、一个单位决策层的管辖，这就决定了内部审计的独立性是有限的。在工程管理单位管理机构的设置上，往往存在仅考虑行政管理之便而忽视组织结构合理性的问题。目前工程管理内部审计由于受到管理权限的影响，导致内部审计独立性严重损失，致使内审工作局面难以打开，职能作用难以充分发挥。

内部审计工作存在偏差

目前在审计观念上内部审计仍以查错纠弊为主，忽视了对项目经营管理的全面评价。审计的内容侧重检查项目财务收支及其有关经济活动的合法性，而缺乏对其真实性的审计。

内部审计人员整体素质不高

工程管理内部审计属于专业性比较强的审计，具有综合性，审计技术与方法更加复杂，审计人员只具备财务、审计方面的知识是远远不够的，还必须通晓管理和工程造价等多方面的知识。

地质勘查资料不准确

在工程建设的过程中，地质勘查是其中最基础也是最为重要的一个过程。由于地下情况复杂，不确定性多，且地质勘查的费用在整个建设项目的资金投入中占比不大，往往没有受到应有的重视。在地质勘探过程中由于取点间距过大，导致地质勘查结果与实际情况不符，甚至出现错误或遗漏，引起设计方案的变更或者施工方案的调整，从而导致工期延误。

审计风险认识不足

不少企业从高管到具体操作人员对工程审计的认识往往偏重于财务审计，单纯地从财务角度看待工程费用，片面地认为工程审计只是核减工程量，对工程审计能够为其增加价值，能够加强企业内部控制和提高企业经济效益知之甚少。另一方面，审计风险还未引入到整体系统，因工程审计范围和内容广泛，涉及关系复杂，审计人员未能发现基建管理和内部控制中存在的重大差异或缺陷，作出不恰当审计结论的可能性较大，易引发审计风险。

管理方面

基建项目从立项、设计、招投标、施工、竣工等整个过程，是一个连续的审计过程，因此，对施工合同、招投标、物资采购、施工结算等要逐项审查。工程审计是事后审计，由于时间介入滞后，了解信息不全，往往是“秋后算账”，难以及时发现问题。

建筑施工企业内部审计工作效率不高

建筑企业内部审计工作具有时间久、项目繁杂的特点，这需要内部审计工作人员跟踪工程进度，实时获取工程成本花销的详细数据并进行会计核算、形成报表。但是在实际工作过程中，不少建筑企业都存在内部审计落后于工程项目的情况，有时候，工程已经完工，款项已经结清，而审计还没有全部完成。

综上所述，工程审计滞后的原因主要包括审计工作介入滞后、建设项目管理混乱、内部审计观念落后、内部审计机构独立性差、内部审计工作存在偏差、内部审计人员整体素质不高、地质勘查资料不准确、审计风险认识不足、管理方面问题以及建筑施工企业内部审计工作效率不高等多个方面。