工程困难问题主要包括以下几个方面：

技术复杂性：

工程项目通常涉及到复杂的技术要求和先进的工艺，这对项目团队的技术知识和能力提出了很高的要求。

成本控制：

合理的成本估算、预算管理和成本监控是确保项目经济效益的关键。

资源管理：

包括劳动力、设备、原材料等方面的合理调配和利用，直接影响项目进展的顺利与否。

时间管理：

工程项目通常有严格的时间限制，需要在规定的时间内完成，合理的时间规划和进度管理至关重要。

风险管理：

涉及技术风险、安全风险、财务风险等各种风险，有效的风险识别、评估和控制是确保项目顺利进行的重要因素。

沟通与合作：

涉及多个团队和各方利益相关者之间的合作与沟通，有效的沟通、协调和团队合作对于项目的顺利进行至关重要。

地质条件复杂：

地质条件复杂是工程施工中常见的难点问题之一，需要对地质条件进行全面调查，优化施工方案。

施工环境恶劣：

如高温、高寒、高湿、强风、地震等，这些环境因素对施工人员的安全和施工质量造成影响。

施工技术难题：

包括施工工艺复杂、施工设备不足、施工现场管理困难等，需要加强技术创新和设备引进。

施工质量保证：

严格执行施工规范和标准，确保施工质量，加强施工现场的管理，提高施工人员素质。

法律合规问题：

遵守相关规定，确保合法合规，避免违反法律法规和未获得必要的许可证等问题。

环境影响：

施工过程中可能产生噪音、粉尘、废水等环境污染问题，需要进行环境评估和采取相应的环境保护措施。

合同纠纷：

施工合同条款不明确或各方之间存在分歧，可能引发合同纠纷，增加项目风险。

质量验收问题：

工程竣工后需要进行质量验收，如果不符合规定的标准和要求，可能导致工程无法交付使用，延误项目进度。

项目规划不合理：

项目规划不合理会导致项目进度存在困难，可能是因为项目计划不清晰、不具体、不可行，或者是项目目标不明确、角色分配不合理等。

项目风险未能及时识别和应对：

在项目执行过程中，可能会出现各种各样的风险，如果这些风险没有被及时识别和应对，就会导致项目进度出现问题。

项目资源不足或不稳定：

项目资源的充足与稳定是项目顺利进行的重要保障，如果项目资源不足或不稳定，就会导致项目进度存在困难。

多项目并行管理：

在某些情况下，一个组织可能要同时进行多个项目，这就需要进行多项目的并行管理，但由于资源冲突、时间冲突等原因，项目之间可能会互相影响。

沟通不畅或信息传递不准确：

项目的顺利进行需要团队成员之间的良好沟通和信息传递，如果沟通不畅或信息传递不准确，就会导致项目进度存在困难。

变更管理不善：

在项目执行过程中，可能会发生一些变更，如需求变更、范围变更等，如果变更管理不善，可能会导致项目进度延误和额外成本投入。

这些困难问题需要综合考虑并采取相应的措施进行解决，以确保工程项目的顺利进行和成功完成。