工程赔偿损失主要包括以下几类：

物质损失

包括因自然灾害或意外事故导致的工程材料、设备、建筑物的直接损失。

事故损坏的车辆、物品、设施的修复或折价赔偿。

牲畜受伤或死亡的折价赔偿。

实物赔偿，即经双方协商一致，用种类、质量相同或相近的实物进行赔偿。

费用损失

包括因意外事故造成第三者的人身伤亡和财产损失所需承担的经济赔偿责任。

修复或重建费用。

第三者损失。

施工损失赔偿，包括实际损失和可得利益损失，如材料费、人工费等直接经济损失，以及合同正常履行下的预期利益。

责任保险赔偿

建筑工程质量保险：因建筑工程质量缺陷导致的损失，包括修复或重建费用、第三者损失等。

勘察设计责任保险：勘察设计单位因工作疏忽或失误造成工程质量事故或其他经济损失，赔偿限额内的经济损失。

工程监理责任保险：工程监理单位因工作疏忽或失误导致工程质量事故或其他经济损失，赔偿限额内的经济损失。

意外伤害保险赔偿

建筑施工人员团体意外伤害保险：建筑工地上的施工人员因意外伤害导致的身故、残疾或医疗费用支出。

其他赔偿

施工合同解除后，赔偿损失的范围包括实际损失和可得利益损失，如材料费、人工费等直接经济损失，以及合同正常履行下的预期利益。

若合同无效但工程合格，承包人可请求折价补偿；若不合格，需根据修复情况定责。

发包人未按合同约定的时间和要求向承包人提供施工现场、创造施工条件造成的损失。

工程设计变更造成的工期延长损失。

发包人未按合同向承包人提供材料和设备造成的损失。

发包人工作失误造成的损失，包括停工、窝工、倒运、机械设备搬迁、材料和构件积压、返工和工作量增加造成的损失。

合同无效后的处理

建设工程施工合同已经履行完毕后被确认无效的，如果建设工程验收合格的，建设方应该参照合同约定支付施工方工程价款，但仍应追究双方的其他相应法律责任。

建设工程经竣工验收不合格的，分两种情况不同处理：一是维修后建设工程经竣工验收合格的，建设方仍应参照合同约定支付工程款，但承包人应承担相应的维修义务，或自己维修，或负担建设方维修费；二是维修后建设工程经竣工验收不合格的，建设方不支付施工方工程款，对此损失由施工方自行承担。同时按照双方的过错及过错大小对其他损失承担相应的赔偿责任。

这些赔偿损失涵盖了工程过程中可能出现的各种风险，并明确了在不同情况下的赔偿责任。建议在实际操作中，各方应充分了解相关保险和责任，以便在发生损失时能够及时有效地进行索赔。