工程索赔的方法主要包括以下几种：

协商索赔

根据双方签订的建筑工程施工合同的约定，双方协商处理损失及赔偿的问题。发包单位与承包单位应当依法订立书面合同，明确双方的权利和义务，不按照合同约定履行义务的，依法承担违约责任。

起诉索赔

如果双方协商不成功，可以到法院提起诉讼。建筑工程索赔费用的计算方法常用的是实际费用法，即以承包商为某项索赔工作所支付的实际开支为根据，向业主要求费用补偿。

总费用法

也称为总成本法，通过计算出某项工程的总费用，减去单项工程的合同费用，剩余费用为索赔费用。这种方法适用于施工中受到严重干扰，使多个索赔事件混杂在一起，导致难以准确地进行分项记录和收集资料的情况。

分项法

按照工程造价的确定方法，逐项进行工程费用索赔。包括人工费、机械费、管理费、利润、材料费、保险费、设备费等索赔费用。索赔的依据是承包人为某项索赔事件所支付的实际开支，因此施工过程中对第一手资料的收集整理非常重要。

修正的总费用法

对总费用法的改进，去掉一些不确定和不合理的可能因素，对总费用进行相应的调整和修改，使其更加合理。修正时只计算受影响时段内的某项工作所受影响的损失，能相当准确地反映出实际增加的费用。

单项索赔

采取一事一索赔的方式，即在每一件索赔事项发生后，报送索赔通知书，编报索赔报告书，要求单项解决支付，不与其他的索赔事项混在一起。

综合索赔

又称总索赔，即将整个工程（或某项工程）中所发生的数起索赔事项，综合在一起进行索赔。这也是总成本索赔，是对整个工程（或某项目工程）的实际总成本与原预算成本之差额提出索赔。

这些方法可以单独使用，也可以结合使用，具体选择哪种方法应根据实际情况和合同条款进行决定。在实际操作中，建议咨询专业律师或索赔专家，以确保索赔过程的合法性和有效性。