办理工程认证书需要准备以下材料：

企业基本资料

营业执照副本或三证合一的营业执照。

组织机构代码证（如适用）。

税务登记证副本（如适用）。

企业法定代表人身份证复印件。

企业简介，包括企业的发展历程、经营范围、组织架构、人员情况等。

质量管理体系文件

质量手册，描述企业质量管理体系的总体要求和方针目标。

程序文件，规定企业质量管理体系各个过程的具体操作流程。

作业指导书，为具体的工作岗位提供操作指南。

内部审核和管理评审记录，证明企业质量管理体系的持续有效性。

技术人员和施工队伍资料

专业技术人员的职称证书、注册证书、社保证明等。

施工队伍的人员名单、资质证书、培训记录等。

工程业绩材料

代表性项目合同。

竣工验收报告。

业主评价等。

可以提供一些具有代表性的工程项目案例，详细介绍项目的规模、技术难度、质量控制等情况。

其他相关材料

企业获得的其他荣誉证书、奖项等。

如有需要，还可以提供企业的环境管理体系、职业健康安全管理体系等相关认证证书。

特定行业所需的额外材料

对于环保工程二级施工资质，企业需要提供企业法人营业执照副本、公司章程、企业法定代表人任职文件及身份证明、企业经理和技术、财务负责人的身份证明、职称证书及任职文件、技术负责人的身份证明、职称证书、执业资格证书及业绩证明材料、企业注册人员的注册证书（或项目经理）及身份证明、资质标准中要求的企业非注册专业技术人员的职称证书、身份证明及养老保险凭证、劳务分包企业应提供标准要求的人员岗位证书及身份证明、企业近三年完成的环保工程施工业绩合同复印件、如有设备、厂房等要求的，应提供设备购置发票和租赁合同、厂房的房屋产权证或房屋租赁合同等相关证明、资质申请表、企业近年的财务报表、环境保护设施验收合格证明（如适用）、环境保护管理制度文件、环境影响评价报告（如适用）。

建议企业在准备材料时，确保所有文件的真实性和完整性，并按照认证机构的要求进行整理和提交。