制药工程科研的主要方向包括：

创新药物研究：

包括受体药物和酶抑制剂的合理药物设计，针对重大疾病的创新药物发现和发展，如抗癌、抗生素、抗病毒、抗溃疡、抗炎、抗哮喘以及中枢神经系统、心血管系统药物等。

天然活性物质的全合成及其结构改造研究：

研究天然产物的合成方法，通过结构改造以提高其药用价值。

组合化学和绿色化学在新药研究中的应用：

利用组合化学方法合成药物，并采用绿色化学技术提高合成过程的环保性和效率。

化合物库的建立与发展和化学信息学研究：

建立和发展药物化合物库，利用化学信息学方法进行药物设计和筛选。

非专利药物合成工艺产业化研究：

研究非专利药物的合成工艺，并推动其产业化进程。

药用二次代谢产物的基因工程和细胞工程：

通过基因工程和细胞工程技术，研究和利用药用二次代谢产物。

微生物转化法合成生理活性物质：

利用微生物转化法合成具有生理活性的物质。

微生物药物生物合成及代谢调控：

研究微生物药物的合成机制及其代谢调控，以提高药物产量和质量。

药物合成研究：

研究药物的合成方法和工艺，优化合成路线，提高合成效率和产物纯度。

药物分析研究：

对药物进行分析和检测，研究药物的质量控制方法和标准。

药物制剂研究：

研究药物的制剂方法和工艺，优化制剂配方，提高药物的稳定性和生物利用度。

制药设备与工艺设计：

研究制药设备的选型、工艺流程的优化以及生产线的运营管理。

药品监管：

在药品监管机构工作，对药物生产过程进行审核和监督，确保药品的质量和安全。

学术研究：

在高校或科研院所从事药物制剂的教学和科研工作，开展相关的科研项目。

这些方向涵盖了从药物发现、合成、分析、制剂到产业化的全过程，反映了制药工程科研的广泛性和多样性。建议学生在选择研究方向时，结合自身的兴趣和职业规划，选择最适合自己的领域进行深入研究和学习。