工程合同变更需要办理的手续主要包括以下几点：

协商一致

合同变更首先需要合同双方当事人协商一致。一方需提出书面变更建议，包含变更理由、后果处理及答复期限。对方在规定时间内需书面答复，逾期未答复则视为默认。若双方同意变更，须制定书面变更协议。

备案手续

对于施工合同的变更，需要发包人到当地的建设行政主管部门进行备案。发包人需要携带的材料包括《建设工程施工许可申请书》、变更的施工合同4份原件以及双方的建筑师资格证书等。合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。

重新办理施工许可证

如果施工合同的变更涉及到施工单位的变更，那么需要重新办理施工许可证。具体流程包括建设单位填写工程项目登记表，主管部门进行审核，审核通过后建设行政管理部门发放土地使用证及相关许可证。

提交相关材料

变更后施工合同备案需要提交的材料包括《建设工程施工许可申请表》原件、合同正式文本一式4份原件、合同当事人法定代表人证明书原件（法定代表人授权签订合同的，还需提交法定代表人授权委托书原件）等。

公证和鉴证

对于需要公证或鉴证的合同，变更后也应进行备案，并在必要时再次进行公证。

法律和行政法规要求

根据《民法典》等相关法律规定，如果合同变更涉及到法律、行政法规规定需要批准、登记等手续的，必须依照其规定办理。

总结来说，工程合同变更需要双方协商一致、签订书面变更协议、进行备案手续、可能涉及重新办理施工许可证、提交相关证明材料，并遵守法律和行政法规的相关规定。这些步骤旨在确保合同变更的合法性和有效性，避免未来可能出现的纠纷。