管理工程项目的部门主要涉及以下几类：

建设部门

国家发展和改革委员会：负责制定国家经济和社会发展规划，并在工程项目管理中起关键作用，如交通基础设施建设规划的制定。

住房和城乡建设部：负责城市和乡村建设管理，包括城市规划、建筑设计和施工管理等，并监督检查工程项目的执行。

交通运输部：负责交通基础设施的规划和建设。

水利部：负责水利工程的规划和管理。

国家能源局：负责能源相关工程的规划和管理。

监管部门

国家市场监督管理总局：负责监督工程项目的合规性和安全性。

国土资源部：负责土地资源的管理和分配，参与工程项目的规划和审批。

环境保护部：负责监督工程项目的环境影响和资源利用情况。

国家建筑工程质量监督检验中心：负责建筑工程质量的监督检查。

其他相关部门

财政部门：负责项目资金的管理和审计。

人力资源和社会保障部门：负责项目人力资源的管理。

项目管理办公室（PMO）：负责协调所有项目活动，制定和实施项目管理策略，监控项目进度。

工程部：负责项目的具体设计和建设工作。

采购部：负责采购项目所需设备和材料。

风险管理部：负责识别和管理项目的风险。

市场部：负责项目的市场推广和销售。

地方政府部门

地方政府建设主管部门：如市、县、区级政府建设主管部门，负责本地区的规划审批、项目管理和监督检查等工作。

这些部门和机构在工程项目的不同阶段和方面发挥着各自的作用，确保项目的顺利进行和完成。建议在实际项目管理过程中，各相关部门应加强协同合作，确保项目的高效实施和成功完成。