工程公司需要缴纳的税种主要包括以下几种：

增值税

一般纳税人企业的增值税征收率为3%，即销项税额减去进项税额的差额。一般情况是按月度申报，目前没有增值税税收优惠政策。

增值税的计算公式为：工程增值税=不含税营业收入×适用税率。一般纳税人选择一般计税法的适用增值税税率9%；一般纳税人选择简易计税法和小规模纳税人的适用增值税税率3%。

城市维护建设税

根据缴纳的增值税额来计算，税率按照工程所在地的城乡类型不同分别确定税率，市区为增值税额的7%，乡镇为增值税额的5%，其他为增值税额的1%。

教育费附加和地方教育费附加

教育费附加按增值税额的3%计算，地方教育费附加按增值税额的2%计算。

企业所得税

按季度预交申报，年底汇算清缴。如果该一般纳税人工程企业属于小微企业的，目前国家给与小微企业企业所得税税收优惠。小微企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税。

印花税

建设工程施工合同需要缴纳印花税，根据《中华人民共和国印花税暂行条例》规定，建筑安装工程承包合同的印花税率按合同承包金额万分之三计算。

个人所得税

主要针对企业中的员工工资薪金，按工资的多少，根据九级累进税率计算交纳，由发放的企业代扣代缴。

其他税种

根据具体的业务性质和所在地区，工程公司可能还需要缴纳房产税、土地使用税等。

综上所述，工程公司在运营过程中需要缴纳的主要税种包括增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加、企业所得税、印花税和个人所得税。此外，根据具体的业务性质和所在地区，可能还需要缴纳其他税种如房产税和土地使用税等。