生物工程的主要部分包括以下几个方面：

遗传工程（基因工程）

通过在基因水平上设计和创建新的DNA双螺旋结构生物新品系，并使其稳定遗传给后代。

应用领域包括农业、医学、工业等，例如培育抗病、抗虫、抗旱等优良植物品种，以及治疗遗传性疾病。

细胞工程

研究和操作细胞，包括培养、分离、纯化、增殖和改造细胞，以实现对生物体的控制和改造。

应用领域包括医学、工业等，例如培养出具有特殊功能的细胞和组织，用于制造生物材料和医疗器械。

微生物工程（发酵工程）

利用微生物的特定功能为人类生产有用的产品，或直接将微生物应用于工业生产过程。

应用领域包括食品、医药、化工等，例如生产酒精、面包、抗生素、味精等。

酶工程（生化工程）

利用酶、细胞或细胞器的特异催化功能，通过生物反应装置和工艺手段生产人类所需的产品。

应用领域包括食品、医药、化工等，例如生产酶制剂、生物燃料、生物材料等。

生物反应器工程

通过合适的生物反应器对“工程菌”或“工程细胞株”进行大规模的培养，以生产大量有用代谢产物或发挥其独特生理功能。

应用领域包括农业、工业、医药等，例如生产药物、疫苗、生物燃料等。

此外，生物工程还涉及其他相关领域，如：

蛋白质工程：着重于蛋白质的设计、改造和优化，制造具有特定功能的蛋白质产品，如酶、抗体等。

组织工程和生物材料：利用生物材料和细胞构建和修复生物体结构和功能，生物材料可以是人工合成或天然的。

生物医学工程：包括生物信息学、化学生物学等方面，应用于医疗诊断、药物筛选、个性化医疗等。

综上所述，生物工程是一个高度综合性的学科，涉及多个领域和技术，其应用范围广泛，对人类社会的政治、经济、军事和生活等方面产生巨大影响。