生物工程软件涵盖了多个领域，包括引物设计、数据分析、生物信息学、模拟和建模等。以下是一些常用的生物工程软件：

引物设计软件

Premie：由加拿大Premier公司开发，用于设计高效扩展能力的引物和PRC产物。

Oligo 6：广泛使用的引物和探针设计软件，具有高级功能如引物搜索和参数锁定。

Primer Premier：专业的引物设计软件，用于PCR或测序引物以及杂交探针设计。

Vector NTI Suite：功能全面的分子生物学应用软件包，包括序列编辑、基因预测、蛋白质结构预测等。

数据分析与可视化软件

R语言：强大的统计分析和图形化编程语言，广泛应用于生物数据分析、生物信息学等领域。

Python：通用高级编程语言，用于科学计算和生物信息学，拥有丰富的库如Biopython。

MATLAB：高级数值计算和可视化编程语言，用于建模、仿真和数据处理。

Excel、 正交试验设计助手、 Data processing system （DPS）、 Design expert：用于单因素、多因素、正交等数据处理方法。

生物信息学软件

NCBI BLAST：用于序列比对和搜索。

EMBOSS：提供序列分析、基因预测等工具。

Geneious：用于序列分析、基因注释等。

模拟和建模软件

MATLAB Simulink：用于建模和仿真。

COMSOL Multiphysics：用于模拟和仿真复杂的物理系统。

其他软件

DNAman：高度集成化的分子生物学应用软件，用于序列分析、PCR引物设计等。

DNASTAR Lasergene.v7.1：综合性序列工具软件，包含序列编辑、序列比对、蛋白质结构预测等功能。

这些软件在生物工程的不同领域发挥着重要作用，根据具体需求选择合适的工具可以大大提高研究效率和准确性。