工程抵税的方式主要包括以下几种：

增值税抵扣

工程承包方在施工概算书中列出的材料应当是增值税税率为17%的，在施工过程中由承包方承担的材料增值税，可以通过抵扣，首先工程承包方应当向相关税务部门提交施工项目相关证明文件，完成相关报备后，承包方可以按照实际发生的材料增值税金额抵扣相应的应纳税额。

企业在支付工程施工费用时，要确保费用符合税法规定的可抵扣范围，如必要性、合理性、与企业生产经营活动有直接关系。企业可以选择按月或按季度进行抵扣，按月抵扣是指在当期支付的工程施工费用可以在当期抵扣；按季度抵扣是指在当期支付的工程施工费用可以在当季度分摊抵扣。

工抵房形式

房地产开发企业直接将完工产品产权转移给建筑施工单位。

房地产开发企业集团内跨项目将其他项目完工产品抵付建筑施工单位工程款。

房地产开发企业以未完工在建工程抵付工程款。

房地产开发企业与建筑施工单位签订抵减协议，不涉及产权转移，实际销售后再由购买方代替支付工程款。

其他抵扣方式

工程施工费用确认，确保费用符合税法规定的可抵扣范围。

确定抵扣方式，可以选择按月或按季度进行抵扣。

工程增值税抵扣方法，通过销项税减去进项税，以及对应的税率进行计算。

承包境外工程抵免所得税，可以通过折旧费抵扣企业所得税。

在建工程相关税金中，如果是进口工程物资的关税直接计入工程物资的成本，如果是增值税，可以抵扣不计入工程成本。

不同计价模式的计税基数

一般计税法和简易计税法，这两种计价模式的计税基数是不一样的。一般计税法材料是按照除税价计入的，当一般纳税人开出9%的税率时，是可以抵扣进项税的。而小规模纳税人按3%计税是不能抵扣进项税的。

进项税额的抵扣限制

用于个人消费或集体福利的进项税额不能抵扣。

这些方式涵盖了增值税抵扣、工抵房形式以及其他一些特定的抵扣方法，企业可以根据自身实际情况选择合适的抵税方式。建议在实际操作中，咨询专业的税务顾问以确保合规性和最大化税务效益。