工程款纠纷的案由主要涉及以下几类：
合同纠纷中的建设工程合同纠纷
建设工程价款优先受偿权纠纷：当发包人未按照约定支付价款时，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。若协商未果，承包人可请求法院将工程依法拍卖，并就拍卖价款优先受偿。
竣工结算报告争议：承包方制作结算文件递交发包方后，若发包方未在规定时间内答复或不予认可，可能引发工程款结算纠纷。
工程量之争：涉及合同生效后增加的工程量及隐蔽工程的详细数据未做三方签字记录等问题。
计费系数之争：因承包方资质变更或施工队挂靠等原因导致的计费系数争议。
大型机械租赁费用计费之争：关于承包方租赁大型机械设备的费用是否应另行计费的问题。
建筑材料品质之争：涉及建筑材料质量是否符合合同约定引发的纠纷。
总包与分包之间的争议：关于总包与分包之间责任划分和合同履行的纠纷。
其他相关案由
违约的争议：涉及合同双方是否违反合同约定及其后果的争议。
租赁合同纠纷：涉及工程中租赁设备合同履行的纠纷。
农村建房施工合同纠纷：涉及农村建房施工过程中的合同纠纷。
在处理工程款纠纷时，应根据具体案件事实和法律规定确定案由，并选择合适的法律途径进行解决。建议承包方在遇到工程款纠纷时，及时收集相关证据，并咨询专业律师以维护自身合法权益。
