在工程菌的应用中，主要涉及到细菌、酵母菌、霉菌和放线菌等微生物。以下是一些常用的工程菌种类及其用途：
细菌
大肠埃希菌：用作卫生监测指示菌，并在现代遗传工程中作为主要的工程菌。
耶尔森菌：广泛存在于自然环境中，能产生热稳定性肠毒素，用于工业微生物的研究。
变形杆菌：对外界适应力强，营养要求低，生长繁殖迅速，常用于工业微生物的培养。
艰难梭菌：能产生肠毒素A和B，对酶有抵抗力，用于研究厌氧微生物。
类志贺邻单胞菌：与志贺菌有共同的生化反应和抗原结构，但毒力较低，用于研究特定生化途径。
亲水气单胞菌：广泛存在于自然界，能产生多种毒力因子和胞外酶，用于工业微生物的应用研究。
酵母菌
啤酒酵母：用于酿酒。
假丝酵母：用于制造面包。
类酵母：用于生产脂肪酶等。
霉菌
根霉：用于生产酶制剂、抗生素、有机酸及甾体激素。
毛霉：同样用于生产多种酶制剂和有机酸。
犁头霉：在工业上也有广泛应用。
红曲霉：用于生产红曲米等食品和药物。
放线菌
链霉菌：产生多种抗生素，如链霉素、红霉素等。
这些工程菌在生物工程、食品工业、医药、农业等领域有着广泛的应用。选择合适的工程菌种对于提高生产效率、降低成本和开发新产品具有重要意义。
