生物工程是一门涉及多个领域的综合性应用学科，主要包括以下几个方面：

基因工程：

通过基因重组技术对生物体的遗传物质DNA进行操作，以改变其遗传特性，用于生产特定产品如药物、疫苗，以及农业作物的改良。

蛋白质工程：

着重于蛋白质的设计、改造和优化，通过改变蛋白质的结构和功能，制造出具有特定功能的蛋白质产品，如酶、抗体等。

微生物工程：

主要研究微生物在工业、医药等领域的应用，通过培养和控制微生物的生长和代谢，生产出各种有用的产品，如生物燃料、生物材料，并在环境保护方面也有广泛应用，如废水处理。

细胞工程：

利用细胞培养、融合、遗传操作等技术，对细胞进行遗传改良或生产有用的代谢产物。

酶工程 （生化工程）：研究和应用酶的催化功能，进行酶的制备、改性和应用，以提高生产效率和产品品质。

生物反应器工程：

设计和优化生物反应器，以实现对生物体或其组成部分的大规模培养，生产大量有用代谢产物或发挥其独特生理功能。

系统生物工程：

基于系统生物学原理，开发生物计算机、细胞制药厂、生物太阳能技术等，实现新一轮产业化变革。

医学工程学、 修补工程学、 人类工程学和 仿生学：

这些分支领域涉及对生物体的构造和机能进行工程学的分析，以应对生物学及医学范畴上的新挑战。

此外，生物工程还与其他学科如化学、化工、机械、电子计算机等紧密结合，应用范围广泛，包括医药、农业、环保、工业等多个行业。

综上所述，生物工程是一个涵盖多个学科的综合性领域，旨在通过技术手段改造和利用生物体或其组成部分，以满足人类在医药、农业、工业、环保等方面的需求。