在基因工程中，常用的菌种主要包括以下几种：
大肠杆菌：
大肠杆菌是最常用的基因工程菌之一。它具有培养简单、繁殖迅速、遗传稳定等特点，并且已被美国FDA批准为安全的基因工程受体生物。通过将人的胰岛素基因导入大肠杆菌，可以使其表达并生产出胰岛素，解决了胰岛素药源不足的问题。
酵母菌：
酵母菌是一种单细胞真核生物，具有比较完备的基因表达调控机制和对表达产物的加工修饰能力。酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）是最早被用作外源基因表达的酵母宿主，在分子遗传学方面有着广泛的应用。
农杆菌：
农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）是一种常用的基因转移工具，常用于植物基因工程中，但也可以用于动物和微生物的基因工程。
枯草芽孢杆菌：
枯草芽孢杆菌是一种革兰氏阳性细菌，具有较好的丁醇耐受性，适合用于基因工程生产丁醇等化合物。
其他菌种：
除了上述几种常用的菌种外，基因工程中还可能使用其他原核生物和真核生物作为宿主，例如放线菌、丝状真菌等。这些菌种各有其独特的优势和适用场景。
选择适合的基因工程菌种需要考虑多种因素，包括菌种的生长特性、表达效率、遗传稳定性、安全性以及生产成本等。通过合理选择菌种，可以实现高效、安全的生产目标。
