工程审计中常用的方法包括：

看图法：

审计人员通过仔细查看所有的施工图纸来核实工程量与工程价款，从而审定工程造价。这包括建筑施工图、结构施工图和竣工图，以及水电平面图和系统图等。

观察法：

审计人员亲临建筑现场，实地观察审计事项，了解建设项目的实际情况，发现疑点，验证事实，核实实际工程量，以审定工程造价。

询问法：

审计人员通过询问被审计单位参与基建项目管理的负责人、当事人、知情人或施工单位施工员、预算员、知情者，以证实基建工程量与工程价款的真实性、合理性。

调查法：

审计人员深入实际进行调查研究，查证基建工程量与工程价款的真实性、合理性。例如，对水电主材价格进行市场调查分析，对基建工程量进行调查走访等。

开挖法：

在有疑点的隐蔽工程上，审计人员会同被审计单位和施工单位有关人员到现场挖开核实工程量与工程价款。

分析法：

审计人员运用系统方法对基建工程项目的具体内容进行分离和分类，然后综合分析，发现疑点，揭露问题。

测量法：

审计人员现场对照施工图纸，实地测量有关工程量，如门窗洞口的大小、建筑物的长宽高等，以及计量有关器材物质数量，确定基建工程决算工程量与造价的真实性、合理性。

核对法：

用一种记录或资料同另一种记录或资料进行查对，用相互验证和复核的手段，验证基建工程决算工程量与造价的真实性、合理性。

分组计算法：

把预结算中的项目划分为若干组，并把相邻且有一定内在联系的项目编为一组，审查或计算同一组中某个分项工程量，利用工程量间具有相同或相似计算基础的关系，判断同组中其他几个分项工程量计算的准确程度。

对比法：

用已建成工程的预结算或虽未建成但已审查修正的工程预结算对比审查拟建的类似工程预算，根据工程的不同条件区别对待。

全面审计法：

按照行业建筑工程预算定额的编制顺序或施工的先后顺序，逐一地对全部项目进行审查的方法。其优点是全面、细致，但缺点是工作量较大。

标准图审计法：

对于利用标准图纸或通过图纸施工的工程项目，先集中审计力量编制标准预算或决算造价，以此为标准，进行对比审计。

这些方法可以单独使用，也可以结合使用，以提高审计的准确性和效率。选择合适的方法取决于审计的具体需求和项目的特点。