工程款发票的抵扣情况主要取决于发票类型及使用者的纳税人资格。以下是具体的抵扣规定：
增值税专用发票
增值税一般纳税人取得的增值税专用发票，且发票上注明的税额用于增值税应税项目时，该进项税额可以从销项税额中抵扣。
增值税普通发票
一般纳税人从境外单位或个人购进服务、无形资产或不动产，按照规定应当扣缴增值税的，准予从销项税额中抵扣的进项税额为从税务机关或扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照规定公式计算可抵扣的进项税额。
符合规定的“海关进口增值税专用缴款书”可以抵扣。
符合规定的“农产品收购发票、农产品销售发票”可以抵扣。
其他发票
工程款发票如果是用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产，则进项税额不得从销项税额中抵扣。
总结：
只有增值税专用发票且用于增值税应税项目时，才能进行抵扣。增值税普通发票在某些特定情况下也可以抵扣，而其他类型的发票则不能用于抵扣进项税额。因此，在实际操作中，企业应确保取得合法有效的增值税专用发票，并严格按照相关税法规定进行抵扣。
