工程合同是建设工程中不可或缺的组成部分，但在实际履行过程中，由于各种原因，往往会产生各种纠纷。以下是一些常见的工程合同纠纷类型：

合同价款纠纷

合同约定的价款计算方式不明确：例如，双方在合同中对价款的计算细节约定不清，导致实际结算时产生分歧。

工程变更后价款的调整争议：工程变更后，双方对于新增工程量的计算方法和费用承担存在争议。

预付款及进度款支付的纠纷：发包方未按时支付预付款或进度款，或施工方未按约定使用预付款，引发纠纷。

工程质量纠纷

工程完工后质量不符合约定标准：双方对质量责任的认定及修复费用的承担存在争议，可能是施工方未按规范施工导致质量问题，也可能是设计缺陷等原因引起。

工期纠纷

不可抗力或一方违约导致工程延误：双方对于工期顺延的条件、违约责任的承担等问题产生分歧，例如遭遇自然灾害后施工方主张工期顺延，而发包方可能不同意。

履约纠纷

一方未按合同约定履行义务：如发包方未按时支付款项，施工方未按时完工等，引发的纠纷。双方对于违约行为的认定及赔偿责任的计算往往存在争议。

合同效力问题

施工合同效力问题：合同是否有效，是否应当继续履行，或是否可以解除等。

阴阳合同问题：备案合同与实际履行合同在实质性内容上不一致，法院通常支持按照中标合同确定权利义务。

工程款结算纠纷

备案合同和“补充协议”结算依据的纠纷：对于备案合同和“补充协议”在结算时应采纳哪一份合同作为结算依据存在争议。

工程款结算标准问题：双方对于工程款结算的标准和方法存在分歧。

其他特定类型的纠纷

违法分包问题：承包方分包在程序上存在违法性或者名为分包实为转包，发包方事后不予承认分包合同的合法性，从而引起的纠纷。

建筑材料品质之争：因建筑材料质量引起的纠纷，可能涉及材料供应商、施工方和发包方之间的责任问题。

工程勘察、设计合同纠纷：因工程勘察和设计工作未完成或不符合要求而引发的纠纷。

建设工程价款优先受偿权纠纷：关于承包人是否享有建设工程价款优先受偿权的问题。

在处理这些纠纷时，通常需要根据具体合同条款及案件事实进行详细分析和处理，建议当事人及时咨询专业律师，以便更有效地维护自身权益。