发酵工程的应用领域非常广泛，主要包括以下几个方面：
食品工业
生产传统的发酵产品，如酱油、各种酒类、醋、酸奶、乳酸菌饮料等。
生产食品添加剂，如柠檬酸、味精、酶制剂（如α-淀粉酶、β-淀粉酶、果胶酶等）。
利用纤维废料、嗜热菌、嗜盐菌等生产酒精、乙烯、洗涤剂等。
医药工业
生产抗生素、乙肝疫苗、人类生长激素、重组乙肝疫苗、某些种类的单克隆抗体、白细胞介素-2、抗血友病因子等。
利用微生物发酵生产药物成分，如酶制剂、激素等。
农牧业
生产微生物肥料，如根瘤菌肥、固氮菌肥。
生产生物微生物农药，如苏云金杆菌、白僵菌。
生产微生物饲料，如单细胞蛋白。
利用微生物技术进行植物基因改造、生物固氮、工程杀虫菌生物农药、微生物饲料等。
环境保护
利用微生物进行污水处理和废物降解，促进可持续发展。
利用微生物发酵技术生产生物燃料和生物塑料。
能源工业
利用微生物进行生物质能源的开发利用，如生产酒精、生物柴油等。
化工行业
生产氨基酸、香料、生物高分子、酶、维生素和单细胞蛋白等。
其他领域
利用嗜低温菌提高热敏性产品的产量。
发酵工程在生物医药、环境保护等新兴领域发挥着重要作用。
综上所述，发酵工程的应用领域涵盖了食品、医药、农牧、环保、能源、化工等多个行业，并在这些行业中发挥着重要作用，推动着相关产业的创新与发展。
