发酵工程的主要项目包括以下几个方面：

菌种的选育：

根据不同的生产目标，选择适宜的发酵菌种，并进行菌种的培养和增殖，以确保菌种的健康和活力。

培养基的配制与优化：

设计合适的发酵培养基，包括基础培养基的配方、营养元素的浓度和比例等，并对培养基进行优化，提高发酵效率和产物产量。

灭菌技术：

在发酵工程中，需要对发酵原料、发酵罐以及各种连接管道进行灭菌，以确保发酵过程的无菌环境。

扩大培养和接种：

在最优的发酵条件下，通过种子罐进行大量细胞和生产代谢产物的培养，并进行接种操作。

发酵过程的控制：

监测发酵过程中的关键参数，如菌体生长状况、代谢产物的积累和消耗等，并根据监测结果进行调控和控制，以优化发酵过程和产物质量。

产品的分离与提纯：

采用适当的方法从发酵液中分离和纯化目标产物，包括固液分离技术、细胞破壁技术、蛋白质纯化技术等。

下游工程：

从发酵液中分离和纯化产品的技术，包括固液分离技术（离心分离、过滤分离、沉淀分离等工艺）、细胞破壁技术（超声、高压剪切、渗透压、表面活性剂和溶壁酶等）、蛋白质纯化技术（沉淀法、色谱分离法和超滤法等），以及产品的包装处理技术（真空干燥和冰冻干燥等）。

技术应用：

发酵工程在食品工业、医药、能源、环境保护和农牧业等多个领域都有广泛应用，例如生产酒精、醋酸、面包、胰岛素、干扰素、生长激素、抗生素和疫苗等多种产品。

这些项目涵盖了发酵工程的各个环节，从菌种选择到产品分离提纯，再到技术的工业化应用，构成了发酵工程的完整体系。