厂房主体工程主要包括以下几个方面：

基础工程：

这是建筑工程中最基本的部分，负责承载建筑物的重量，并将重量传递到地基中。基础工程包括地基的挖掘、地基的加固、地下室的施工等。

结构工程：

结构工程是主体工程的核心，负责保证建筑物的稳定性和安全性。它包括梁、柱、墙、楼板等的施工，以及钢筋混凝土框架、钢结构等的安装。

防水工程：

防水工程是为了保证建筑物在雨水、地下水等自然灾害的情况下不受侵害，从而保证建筑物的使用寿命和安全性。防水工程包括屋面防水、墙体防水、地下室防水等。

电气工程：

电气工程是为了保证建筑物内各种设施的正常运行和使用，包括电力系统、照明系统、通讯系统、安全监控系统等。

空调工程：

空调工程是为了保证建筑物内的温度、湿度和空气质量等在一定的范围内，以满足人们的居住和工作需求。空调工程包括中央空调系统、新风系统、通风系统等。

混凝土工程：

包括模板工程、钢筋工程、预应力工程、混凝土工程、现浇结构工程、装配式结构工程、混凝土结构子分部工程等。

砌体工程：

包括砌筑砂浆、砖砌体工程、混凝土小型空心砌块砌体工程、石砌体工程、配筋砌体工程、填充墙体砌体工程、冬期施工等。

钢结构工程：

包括原材料及成品进场、钢结构焊接工程、紧固件连接工程、钢零件及钢部件加工工程、钢构件组装工程、钢构件预拼装工程、单层钢结构安装工程、多层及高层钢结构等。

其他专业工程：

有些专业性强、技术难度高的部分可以分包，如消防、煤气等特殊专业项目，及网架、钢结构等技术要求高的项目，由专业企业完成以确保质量与安全。

综上所述，厂房主体工程是一个复杂的系统工程，涵盖了从地基基础到上部结构及防水、电气、空调等多个方面的施工内容。