农业工程专业证书主要包括以下几种：

农业工程师资格证书

这是专业认证，证明持证人具备处理农业工程问题的能力，包括土壤、灌溉、肥料管理、作物保护等方面的知识和实践经验。

农业技术员资格证书

这是从事农业生产和农业技术工作的基本技能证明。

农业经济师资历证

这是从事农业经济分析和预测的职业资历证书。

农业推行员资历证

这是农业推行工作的基本资历证明。

高级农艺师证

这是直接从事农业技术、试验、示范、推广、培训、科技管理等工作的农业技术人员技术职务名称的一种，负责制定生产发展规划并进行可行性分析。

农业技术指导师证

这是直接为农民提供技术支持的职业，需要采集农业技术信息，进行分类、加工处理，并向农户推荐农作物和畜禽、水产的优良品种。

农业生产分析师证

这是指从农业生产实际出发，对其进行分析以期农业更好的发展的人员，参与试验、示范等技术工作。

渠道维护工程师

适合水利方向的农业工程专业，对以后的工作有很大帮助。

水利水电工程师

同样适合水利方向的农业工程专业。

水土保持工程师

适合水利方向的农业工程专业。

灌溉排水工程师

适合水利方向的农业工程专业。

农业生产分析员

类似于园艺师、绿化工程师等，虽然与农业工程专业的联系不那么密切，但同属于农业类，学有余力的可以学习相关知识。

农业顾问资格证书

为农民和企业提供咨询和指导的认证，包括种植、养殖、市场分析等方面的建议。

农业管理资格证书

证明持证人具备管理和组织农业相关活动的能力，包括农业生产、农产品加工、农业市场营销等方面的知识和实践经验。

农业金融资格证书

证明持证人具备处理农业金融问题的能力，包括农业贷款、保险、税收等方面的知识和实践经验。

农业技术资格证书

证明持证人具备使用现代农业技术的能力，包括农业机械、农业信息技术、农业生物技术等方面的知识和实践经验。

农业环境资格证书

证明持证人具备处理农业环境保护问题的能力，包括农业资源管理、农业生态系统保护、农业污染控制等方面的知识和实践经验。

园艺师资格证书

针对从事园艺、园林设计、园林施工等相关工作人员的职业资格。

畜牧师资格证书

针对从事畜牧相关工作的职业资格。

新型职业农民证书

通过培训考试获取，适用于希望成为新型职业农民的从业者。

这些证书涵盖了农业工程领域的多个方面，可以根据个人的职业发展方向和兴趣选择合适的证书进行考取。