基因工程的主要应用包括以下几个方面：
农牧业和食品工业
培养优质、高产、抗性好的农作物及畜、禽新品种。
培育具有特殊用途的动植物，例如转基因鱼、转基因牛、转黄瓜抗青枯病基因的甜椒、转鱼抗寒基因的番茄、抗虫棉等。
环境保护
利用基因工程制成的DNA探针能够灵敏地检测环境中的病毒、细菌等污染。
培育的指示生物能反映环境污染情况，且不易因环境污染而大量死亡，甚至还能吸收和转化污染物。
基因工程还可以用于生物修复，减少污染物对环境的危害。
医学
基因治疗：针对单基因缺陷的遗传疾病，通过正常的基因代替缺陷基因或补救缺陷基因的致病因素。
基因诊断与基因治疗：利用基因工程技术进行疾病诊断和治疗，例如治疗重症联合免疫缺陷（SCID）等疾病。
基因工程药品的生产：通过基因工程技术将药物的活性成分在微生物或细胞中表达，从而大规模生产药物。
工业
利用基因工程技术生产人的蛋白质，例如在细菌中表达人胰岛素等。
基因工程在农药行业中的应用，通过改变农药产生菌株中特定基因的表达，合成新型活性物质，增加农药的产量，并优化农药的生物合成途径。
其他领域
基因工程还可以应用于医药卫生领域，例如生产基因工程α—干扰素、基因工程乙型肝炎疫苗等。
在工业上，基因工程可以用于生产具有特定功能的蛋白质，如酶、抗体等。
基因工程的应用正在不断扩展和创新中，随着科技的进步，未来将会有更多广泛的应用出现。
