在发酵工程中，常用的细菌包括以下几种：

枯草芽孢杆菌 （Bacillus subtilis）：分布广泛，易筛选，能产生大量淀粉酶和蛋白酶。

大肠杆菌（Escherichia coli）：用于制取氨基酸，谷氨酸脱羧酶用于谷氨酸定量分析，也是基因工程的良好材料。

乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）：革兰氏阳性菌，无芽孢，厌氧或兼性厌氧，用于生产乳酸，如干酪成熟、乳脂酸化和腌菜、泡菜制作等。

丙酮丁醇梭菌（Clostridium acetobutyleum）：专性厌氧菌，用于发酵生产丙酮丁醇。

地衣芽孢杆菌：

用于饲料发酵。

两歧双歧杆菌、 粪肠球菌、 屎肠球菌、 乳酸肠球菌、 嗜酸乳杆菌、 干酪乳杆菌、 乳酸乳杆菌、 植物乳杆菌、 乳酸片球菌、 戊糖片球菌：

均用于饲料发酵。

婴儿双歧杆菌、 长双歧杆菌、 短双歧杆菌、 动物双歧杆菌、 青春双歧杆菌、 嗜热链球菌、 罗伊氏乳杆菌：

均用于饲料发酵。

链球菌属：

包括嗜热链球菌和乳杆菌，用于高温下乳制品的酸化过程。

乳球菌属：

用于乳品发酵中的酸化。

醋酸杆菌：

用于食醋制作。

嗜热菌：

广泛应用于食品加工和医药工业。

产气杆菌、 荧光杆菌、 耐热芽孢杆菌、 巨大芽孢杆菌：

柠檬酸发酵常见的污染菌。

酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）：用于酿造饮料酒、面包、乙醇发酵等。

异常汉逊酵母（Hansenula anomala）：用于某些工业发酵过程。

清酒酵母、 野生酵母：

柠檬酸发酵中的污染菌。

米曲霉、 泡盛酒曲霉、 皱褐青霉：

柠檬酸发酵中的污染菌。

这些细菌在发酵工程中有着广泛的应用，分别用于不同的发酵产品和过程。建议根据具体发酵需求选择合适的菌种。