企业因环保关停的处理方式主要包括以下几个方面：
行政复议和行政诉讼
企业如认为环保关停决定不合理，可以依法提起行政复议或行政诉讼，要求撤销该行政决定。
收集证据和协商解决
企业应收集能够自证清白的证据资料，并与相关部门进行协商，寻求合理的解决方案。
法律救济途径
企业应在法定期限内行使法律赋予的权利，包括陈述和申辩、听证、申请行政复议和提起行政诉讼等，以避免因停产停业遭受损失。
行政补偿
若企业因环保问题被关停，可以申请行政补偿，补偿标准参照征收拆迁的相关标准，包括房屋价值补偿、拆迁安置补偿等。
企业解散和清算
环保关停企业需按照相关法律规定进行财产清算，包括支付清算费用、职工工资、社保费用、法定补偿金、所欠税款和公司债务等，并办理公司注销登记。
员工补偿
环保关停企业的员工应按照《劳动合同法》的规定获得经济补偿，补偿标准为每满一年支付一个月工资，不满一年支付半个月工资。
合规审查
企业应对自身的环保手续和违法行为进行自查，若存在不合规情况，应及时整改，确保各项指标符合相关环保标准。
补救措施
若企业有补救可能，应在短时间内采取措施改善不达标事项，以争取更好的处理结果。
综上所述，企业因环保关停应依法行事，通过合法途径维护自身权益，并积极采取补救措施以减少损失。同时，企业也需加强内部管理，确保环保合规，避免类似问题再次发生。
