如果企业的环保手续不全，处理方式主要依据《中华人民共和国环境保护法》、《建设项目环境保护管理条例》等相关法律法规。以下是一些可能的处理措施：

停产整改

企业应首先停产，并补办完整的环保手续。具体能否审批以及整改要求，应由相应的环保部门决定。企业应与有审批权的环保部门进行沟通，了解具体的整改要求和期限。

罚款

根据《建设项目环境保护管理条例》第二十三条，如果企业需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格，即投入生产或者使用，或者在环境保护设施验收中弄虚作假，环保行政主管部门将责令限期改正，并处以罚款。罚款金额通常在20万元以上100万元以下，逾期不改正的，罚款金额可达100万元以上200万元以下。对直接负责的主管人员和其他责任人员，可处5万元以上20万元以下的罚款。

强制关停

在某些情况下，如政府依据行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化，政府可以强制关停企业。

补办手续

企业应尽快补办环保审批手续。需要提交的材料通常包括申请报告原件、租房协议复印件、土地证和房产证复印件、工商名称核准通知书、建设项目环境影响登记表等。

法律责任

根据《中华人民共和国环境保护法》第二百零四条，未办理环境影响评价手续的企业，将面临警告或罚款，罚款数额在500元至50万元之间。如果由上级环境保护部门实施行政处罚或依法责令改正，罚款金额以当事人支付环境损害赔偿金的金额为限。

建议

企业应尽早认识到环保手续不全的严重性，主动与环保部门沟通，了解具体的整改要求和期限，并尽快补办相关手续，以避免更严重的法律责任和经济损失。同时，企业应加强内部管理，确保在建设和生产过程中严格遵守环保法规，避免“未批先建”和“未验先投”等违法行为。