面对环保店铺关门的情况，以下是一些建议：

收集证据

企业应首先收集所有与环保手续相关的证据资料，包括但不限于环保验收报告、排放许可证、员工培训记录等，以证明企业在运营过程中符合相关环保法规。

与相关部门协商

尽早与作出关停决定的环保部门或相关行政机关进行沟通，了解关停的具体原因和依据，并尝试协商可能的解决方案。

法律途径

如果协商无果，企业应在法定期限内通过法律途径维护自身权益。这可能包括申请行政复议或提起行政诉讼。

企业应明确自身权利，如陈述和申辩权、听证权、申请行政复议和提起行政诉讼的权利，并在法定时效内行使这些权利。

申请补偿

根据相关法律规定，企业有权获得合理的经济补偿。补偿应包括土地使用权、厂房、停产停业损失、装修和附属物等。

企业可以向作出关停决定的行政机关提出行政补偿申请，并与主管部门协商可能的补偿方案，如控制土地空闲下来空置的土地优先开发的权利等。

员工权益

根据《劳动合同法》，企业关闭或关停时，应依法向员工支付经济补偿。企业应了解并遵守相关法律规定，确保员工的合法权益得到保障。

合规经营

企业在决定关闭前应确保所有环保手续齐全，并符合相关法规要求。如果企业存在环保不达标的情况，应积极进行整改，争取在法定期限内恢复生产。

后续规划

企业应考虑未来的发展方向和转型可能，利用现有资源进行合理规划，以减少因环保问题导致的损失。

通过以上步骤，企业可以在环保店铺关门的情况下，尽可能减少损失，并维护自身和员工的合法权益。