当公司因环保问题被关停时，可以采取以下措施：

行政复议或行政诉讼

企业可以对环保关停决定提起行政复议或行政诉讼，要求撤销该行政决定。但需要注意的是，企业自身环保手续必须合法，如果企业环保确实不达标，环保局有权责令其停业整改。

补偿申请与诉讼

企业有权向作出关停决定的主管部门提起补偿申请，并进行补偿诉讼。企业应当明确自身的法律地位，了解并运用相关法律法规，如《优化营商环境条例》和产权保护的相关规定，提出合理的补偿诉求。

员工经济补偿

环保关停员工可以按照解除劳动合同的经济补偿来进行处理，一般按照员工每工作一年支付一个月的工资待遇，不满一年的支付一个月工资，不足六个月的支付半个月的工资。企业应当在法定期限内，通过法律途径，利用好法律赋予的救济途径。

收集证据与协商

企业应当收集能够自证清白的证据资料，与相关部门进行协商解决。如果确实协商不了，可以在法定期限内，通过法律途径，如申请行政复议或提起行政诉讼。

明确法律关系与维权对象

企业应当明确哪些部门是作出关停决定的主体，哪些是配合执行的辅助部门。在维权过程中，企业应当直接针对作出关停决定的行政部门提起补偿申请或诉讼。

制定清算方案

公司因环保关停的，应当成立清算组，编制资产负债表和财产清单，制定清算方案，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并进行清算分配。

遵守法定时效

企业应当注意相关法定时效，如陈述和申辩的权利、听证的权利、申请行政复议和提起行政诉讼的时效等，避免因错过时效而产生不利影响。

寻求专业法律帮助

企业在面临环保关停时，应当寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自身合法权益。

综上所述，企业因环保问题被关停时，应当通过行政复议、行政诉讼、补偿申请、员工经济补偿、收集证据与协商等多种法律途径来维护自身权益。同时，企业也应当遵守相关法定时效，并在必要时寻求专业法律帮助。