当工厂被环保部门查处时，应当采取以下措施：

保持冷静：

首先，企业要保持冷静，理性应对后续事务。慌乱情绪可能会影响判断和决策。

研读处罚决定书：

企业需要认真研读环保处罚决定书，了解处罚的具体原因、依据和处罚内容。这有助于企业明确具体的违法违规行为，从而有针对性地制定整改措施。

制定整改措施：

根据处罚决定书的内容，企业应制定详细的整改措施。例如，如果是废水排放问题，需要检查污水处理设施是否正常运行，是否需要升级设备或优化处理工艺。如果是废气排放超标，要查看废气净化设备是否老化、损坏，及时维修或更换。对于固体废弃物，要确保分类、储存和运输环节都严格遵守环保法规，建立完善的台账制度。

积极沟通与配合：

企业应主动与环保部门沟通，及时汇报整改进度，并请教环保执法人员有关整改意见。这种沟通有助于企业更好地把握环保标准，确保整改效果。

内部审查与管理：

企业需要对内部的环保管理制度进行全面审查，建立健全环保管理责任体系，明确各部门和岗位的环保责任，并加强对员工的环保培训，提高员工的环保意识。

立即整改：

企业应立即停止生产，配合环保部门的检查，并按照处罚决定书的要求进行整改。如果企业拒不改正，环保部门可以依法采取按日连续处罚、限制生产、停产整治等措施，甚至责令停业、关闭。

申请行政复议或提起行政诉讼：

如果企业对环保部门的处罚决定不服，可以在法定期限内申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

委托专业公司处理：

企业可以考虑委托有资质的环保工程公司或环评公司，提供解决方案，确保整改工作符合环保要求，避免高额罚款。

缴纳罚款：

企业应按照处罚决定书的要求缴纳罚款。拒不缴纳罚款可能会导致更严重的法律后果，如按日连续处罚、财产查封或拍卖等。

员工安置与补偿：

如果工厂因环保问题被停产整顿，员工应当按照法律规定解除劳动合同，并按规定获得经济补偿。企业应妥善处理员工的安置问题，确保员工权益不受损害。

通过以上措施，企业可以积极应对环保处罚，确保合法合规经营，避免进一步的法律责任。