环保查出问题通常按照以下步骤进行处理：

现场检查和取证

环保部门在现场进行有计划的巡查或监督，如发现环境污染或破坏事故，会立即组织初查并现场取证。这包括了解事故发生的原因、时间和有关责任人，预测污染事故的危害程度及事故发展态势，制作现场勘查笔录和对在场当事人的询问笔录等。

责令改正和罚款

企业事业单位和其他生产经营者若违法排放污染物，会受到罚款处罚，并被责令改正。如果拒不改正，环保部门可以自责令改正之日的次日起，按照原处罚数额按日连续处罚。

对于未安装或者未保证在线监测、监控设备正常运行的违法行为，违法主体只能是重点排污单位或在线监测、监控设备的运营维护单位，依据相关法律法规予以立案处罚。

停产整治和停业

若企业事业单位和其他生产经营者超过污染物排放标准或超过重点污染物排放总量控制指标排放污染物，环保部门可以责令其采取限制生产、停产整治等措施；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。

整改和验收

存在环保问题的单位需要根据环保被查的内容进行整改，可以当面承诺消除污染，同时应当立即停止生产。缴纳罚款后，可在环保局环评科备案，由第三方做环评报告，根据环评报告的指导，上环保设备。

法律责任

对于阻碍环保部门工作人员正常行使监督检查权的行为，罚款标准是2万元以上到20万元以下。未取得排污许可证而排放污染物的，罚款标准是10万元以上到100万元以下。

申诉和诉讼

对处罚不服的单位或个人，可以依法向国家环保总局或人民法院申请复议或提出行政诉讼。

举报和受理

公民、法人或其他组织可以通过拨打全国统一的环保举报热线电话12369，向各级环境保护主管部门举报环境污染或生态破坏事项，请求依法处理。

综上所述，环保查出问题后，相关部门会依据法律法规采取一系列措施，包括现场取证、责令改正、罚款、停产整治、整改验收、法律责任追究以及申诉和举报等，以确保环境违法行为得到及时有效的处理。