环保部门管理企业的方式主要包括以下几个方面：

设立环保管理部门

根据《环境保护法》要求，企业应设置专门的环保管理部门，全面负责企业环境保护工作的管理和监测任务，改善企业环境状况，减少对周围环境的污染，并协调企业与政府环保部门的工作。

配备环保专业技术人员

企业环保管理部门应配备必需的环保专业技术人员，并保持相对稳定。例如，环保部门可配备三个人，归属工程科管理。

环保合规性管理

企业需确保环保合规性，包括环评报告或现状评价报告及批复、验收报告、排污许可证、排水证、环境应急预案及备案等。执法人员会检查这些文件。

废水管理

企业通常会有自己的污水处理站，无论是自行运营还是外包，都必须保证废水达标排放。需要设有排放口标志牌、有限空间标志牌、处理工艺流程图、自行监测水质指标记录，以及每年定期的废水监测。

废气管理

对于有组织废气，企业需通过管道收集处理后排放。新改扩建项目的废气监测取样口要规范化处理，并建有一个平台，取样口距离有具体规定。排放口标志牌和每年的废气监测也是必不可少的。

厂界噪声管理

厂内噪声管理放在职业健康中，这里不再详述。

环境风险评估和管理

企业应进行环境风险评估，确定企业环境风险的程度和可能造成的影响，并根据风险评估结果制定相应的环境保护措施和应急预案。

资源节约和废物管理

企业应提倡员工节约用水、用电和用纸，减少能源消耗和资源浪费。同时，需制定废物管理制度，确保废物得到妥善处理。

环保设施“三同时”管理

企业需确保环保设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。自主验收并明确“未验先投”属于违法行为。

环境突发事件应急预案制定

企业需制定突发环境应急预案，并进行评审备案。预案应涵盖特大风险、较大风险和一般风险。

排污许可证后管理

包括企业环保自行监测、环保管理台账记录、执行报告、信息公开、排污许可证的延续、变更、重申和注销工作。

内部环保检查和监督

企业应设立环境保护领导办公室，负责组织、落实、监督环境保护工作，并制定定期内部检查制度，采取“三定”原则（定人、定时、定措施）予以整改，责任到人。

领导层责任

公司、部门、车间的主要领导是环保工作的第一责任人，对公司、部门、车间的环保工作负主要责任，即“一把手负责制”。

环保培训和宣传

企业应制定周期环境保护培训计划，采取多种形式进行环境保护宣传教育活动，提高个人的环境保护意识和法制观念。

施工现场环保管理

严格按照建设单位管理办法和设计文件要求，对施工中可能遇到的环境因素进行排查、辩识，确定重要环境因素，并编制施工项目的环保方案及应急预案。

通过以上措施，环保部门可以有效地管理企业，确保企业在生产经营过程中遵守环保法规，保护环境，实现可持续发展。