如果单位环保不通过，可以采取以下措施进行处理：

警告和罚款

环保部门可以对不合格单位给予警告，并处以罚款。

没收违法所得和非法财物

对于违反环保法规的单位，可以没收违法所得和非法财物。

责令停产停业

环保不合格严重的单位可能会被责令停产停业，直至整改合格。

暂扣或吊销许可证、执照

对于屡教不改或情节严重的单位，可能会被暂扣或吊销相关许可证和执照。

行政拘留

对于严重违法的单位，相关责任人可能会被行政拘留。

法律、行政法规规定的其他行政处罚

除了上述处罚措施，还可能面临其他法律、行政法规规定的行政处罚。

整顿和整改

环保部门通常要求不合格单位进行整顿，并在规定时间内完成整改。若整改后仍不合格，则可能面临更严重的处罚。

申请排污许可证

对于需要排污的单位，必须按照规定申请排污许可证，并提交相关材料和证明材料。若申请过程中发现问题，应及时与环保部门沟通并进行整改。

调整规划

如果工厂的国土规划是工业性质，而城建规划是居住用地，可能导致无法办理环评。这种情况下，可以通过调整城建规划来解决问题。

搬厂

有些工厂可能因为历史原因未完善环保手续，可以通过向环保部门承诺搬厂，在承诺日期前继续生产。

委托有资质的环评公司

可以委托有资质的环评公司编制环评报告，并根据环评意见进行整改。整改完成后，需再次提交给环保部门进行核查。

建议单位在环保不合格的情况下，及时与环保部门沟通，了解具体的整改要求和期限，并按照要求完成整改。同时，可以考虑委托专业的环评公司协助完成环评手续，以确保顺利通过环保验收。