厂子因环保问题被停产整顿，员工应当 解除劳动合同并获得相应的经济补偿。具体处理方式如下：

解除劳动合同：

员工应当与用人单位解除劳动合同，并确保社会保险缴纳到辞退（解除合同当月为止）。

经济补偿：

依据《劳动合同法》第四十七条，员工每工作一年应获得一个月工资的经济补偿。具体补偿标准如下：

工作满一年不满二年的，支付一个月工资的经济补偿；

工作满二年不满三年的，支付二个月工资的经济补偿；

工作满三年不满四年的，支付三个月工资的经济补偿；

工作满四年不满五年的，支付四个月工资的经济补偿；

工作满五年不满六年的，支付五个月工资的经济补偿；

工作满六年不满七年的，支付六个月工资的经济补偿；

工作满七年不满八年的，支付七个月工资的经济补偿；

工作满八年不满九年的，支付八个月工资的经济补偿；

工作满九年不满十年的，支付九个月工资的经济补偿；

工作满十年以上的，支付十个月工资的经济补偿。

社保补缴：

若用人单位存在欠缴社保的情况，员工可以与用人单位协商补缴，协商不成的，可以通过劳动仲裁要求用人单位支付相应的补偿。

额外医疗补助：

对于患重病和绝症的员工，用人单位还应增加医疗补助费。患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的100%。

法律途径：

如果用人单位拒不履行上述赔偿义务，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，维护自身合法权益。

预防措施：

员工在工厂停产期间，应提高自身素质，学法懂法用法，及时请工会维权或聘请律师代理，依法签定合同，维护自身合法权益。

综上所述，厂子环保停产时，员工应通过解除劳动合同、获得经济补偿、补缴社保、寻求法律帮助等途径保障自身权益。同时，员工也应积极学习相关法律法规，提高自身维权能力。