第二轮环保督察主要通过以下方式进行：

现场检查

对生态环境进行现场摸排核实，发现问题并分类处理。

对挂牌督办的问题适时组织巡查回头看，确保问题整治到位。

对现场处置工作不力、未依法查处环境违法案件或未依法依规对相关责任人员实施问责的，采取约谈、专项中央环保督察、追责问责等措施。

地下水污染检查

检查场地污水处理设施（单元）涉重环节、固废（危废）堆放场所、化学品堆放场所等的防渗漏、防腐措施。

检查有地下水污染的情况下，治理措施是否到位。

污水污染治理督察

监察水污染源环境，包括污水处理设施的运行状态、历史运行情况、处理能力及处理水量、废水的分置管理、处理效果、污泥处理、处置，以及是否建立废水设施运营台账。

监察污水排放口，包括位置、数量、监测采样点设置、测流段设置、环保标志牌设置、在线监控和监测设备设置等。

复核排水量，包括流量计和污染源监控设备的运行记录、给水量装置或上水消耗证、同类企业用水排水系统数估算等。

噪声污染源现场检查

检查企业生产情况，包括所属行业、主要产品、上个月的产品及产能、各条线运营情况等。

检查企业环保落实情况，包括项目是否依法履行环评手续、环评文件及批复的一致性、环保竣工验收手续的完备性、生产车间地面防腐处理及保养情况、生产过程跑冒滴漏情况等。

检查排污许可证申领、排污申报执行、排污费缴纳执行等。

这些内容体现了环保督察的全面性和系统性，旨在确保环境保护措施得到有效执行，防止环境违法行为，并推动生态环境的持续改善。