重庆在环保方面面临的主要难题包括：

大气污染：

重庆是大气污染最重的城市之一，主要污染物为煤烟型污染。能源消费结构中，煤炭占比高达71%，导致大量工业废气和烟尘排放，对空气质量造成严重影响。

水污染：

重庆市水资源短缺，存在“资源性”和“功能性”缺水问题。由于小城镇无序发展，次级河流水环境污染严重，污水处理能力不足，导致大量污水未经处理直接排入河流。乌江部分河段水质出现严重富营养化现象，次级河流和水质监测断面中超过60%不满足水域功能要求。

垃圾处理：

旅游开发带来大量垃圾，处理不当会对环境造成严重影响。同时，城市化和人口增长导致垃圾排放量增加，垃圾处理设施和处理能力面临挑战。

生态环境脆弱：

重庆市生态环境较为脆弱，人类活动容易对其造成严重破坏。水资源的供需矛盾不断加剧，部分地方已出现严重的水荒。畜禽粪便未经处理直接排放，成为次级河流污染的主要污染源。

污水处理能力不足：

生活污水处理能力不足，部分污水处理厂长期超负荷运行，导致生活污水溢流问题严重。例如，鸡冠石污水处理厂和太平门污水提升泵站累计溢流时间约1440小时，溢流污水化学需氧量平均浓度超标。

环境监管不到位：

部分行业主管部门和镇街在生态环境保护方面落实不到位，环境监管存在“宽、松、软”情况，导致污染防治工作存在短板。

综上所述，重庆市在环保方面面临多方面难题，需要从提高污水处理能力、加强大气污染控制、改善水资源管理、推进生态文明建设等多方面入手，以实现可持续发展。