企业最怕的环保问题主要包括以下几方面：
环保举报和投诉
企业普遍害怕环保部门的检查和举报，因为国家对环境保护的监管越来越严格，企业如果环保设施不齐全或存在违规行为，将面临处罚。
废气排放问题
家具厂等特定行业特别担心废气排放超过环保标准，因为这不仅会受到环保部门的查处和处罚，还会对环境和人体健康造成危害。
环保手续问题
企业在环保手续方面存在合规问题，如未进行环境影响评价、未报批环境影响文件、违反“三同时”制度等，这些问题可能导致企业受到处罚。
环境治理技术不当
企业如果选择了不合适的环保治理技术，会导致运维成本高、能源消耗大、碳排放配额缺口大，需要支付巨额的配额购买成本。
环境信用评价评级低
环境信用评价低会影响企业的融资、招投标和评优评先等方面，企业需要重视环境信用评价，避免因环保问题影响企业声誉和发展。
违法成本
环保违法违规可能导致企业面临罚款、按日计罚、甚至关闭等严重后果，严重者可能涉及刑事责任。
三废处理问题
中小企业普遍存在三废处理工艺水平有限、环保设备更新维护难、环保生产运作机制不完善等问题，这些问题可能导致环保问题隐患。
综上所述，企业在环保方面面临的挑战是多方面的，需要从技术、管理、法律等多个角度进行改进和应对。
