环保税自2018年1月1日开征以来，虽然取得了一定的成效，但仍存在以下问题：
税率设置不合理
税率主要以污染物排放量为基础，与企业的实际情况和能力不相适应。一些企业污染物排放量较大，但难以承担过高税负；而一些企业污染物排放量较小，由于税负较低缺乏约束，未能有效改善环境状况。
征收范围狭窄
目前征收范围仅包括大气污染、水污染、固体废物污染和噪声污染四项，对于土地污染、生态破坏等其他环境污染相关行为尚未纳入征收范围，导致环境损害成本无法得到全面补偿。
基础设施不完善
征收和监测环境保护税需要依赖一套完善的基础设施体系，但目前征税系统和监测设备的不完善，导致征收和执行效果不佳。
自动监测设备安装覆盖率低
由于自动监测设备购买安装费用较高，各地只在重点污染源中推进安装、联网、运维监管的“三个全覆盖”工作，且存在地方保护主义，导致部分符合筛选条件的单位未纳入重点排污单位名录，而部分不符合筛选条件的单位却被纳入，降低了自动监测设备的有效安装范围。
对自动监测设备的运行维护和数据监管不足
自动监测设备运维频次不足、设备校准校验合格率低以及故障未及时维修等问题，弱化了自动监测设备的效能，甚至存在企业篡改或伪造自动监测数据的情况。
委托监测数据的客观性、公正性存疑
大部分中小企业选择监测机构出具的监测数据进行申报，由于缺乏对第三方监测机构的监督，数据的客观性难以确保，可能存在企业为减少税负而选择申报较低的数据。
申报内容不全和税额核算不合规
企业在申报环境保护税时，基础信息不完整、申报税目不全等情况较为普遍，导致税额核算失误。
征收标准与排污费的区别不明显
征收标准与之前的排污费有一定的区别，但环保税的征收标准是根据污染物排放的多少来计算税款，与排放的主体无关，这在一定程度上避免了排污费的缺陷，但仍存在征收负担不均的问题。
纳税人分类不合理，税率设置较低
纳税人分类不合理，税率设置较低，涉税信息共享机制不够完善，部分纳税人纳税遵从度低。
征收标准缺乏科学性和公正性
目前的征收标准相对较低，未能真正反映出环境污染对社会经济的实际损害，且征收标准的确定过程缺乏科学性和公正性，往往被地方政府过度影响。
环境税费制度存在缺陷
中国社会科学院法学研究所的专家提出，我国环境税费制度存在四大缺陷，应在修订环境保护法时进行弥补。
综上所述，环保税在实施过程中仍面临多方面的问题，需要进一步完善和优化，以确保其能够更有效地推动环保工作。
