高台县在生态环境保护方面存在以下问题：

生态环境保护政策不够严格

对环境违法行为的处罚不够严厉，导致一些企业和个人为了追求经济利益而冒险违法，破坏生态环境。

污染问题严重

因地理位置和气候等原因，高台县部分地区存在水土流失、沙漠化、旱灾等问题。

农村地区农药和化肥的使用不规范，导致土壤污染和水源污染问题十分严重。

城市工业源污染突出，空气、水和垃圾污染给生态环境保护带来很大压力。

环境意识不足

部分地区居民环保意识不够强烈，对环境保护的重要性认识不足，生态环境破坏的严重性缺乏足够认识，导致环境保护工作难以推进。

环保经费投入不足

环境质量改善、饮用水安全保障、区域环境问题防治等方面面临巨大挑战，环境监察执法、管理、监测能力薄弱，危化品安全监管、医疗废物有效处置尚显薄弱，环境风险管理措施仍需进一步加强。

重点行业减排空间日益缩小

随着工业化进程加快，高台县环境资源承载力和治污控污能力面临巨大挑战，经济结构调整和环境保护面临前所未有的压力。

农村环保工作形势严峻

农村地区环保设施不足，农业面源污染问题突出，农药和化肥使用不规范，导致土壤和水源污染严重。

建筑工地扬尘污染

部分建筑工地存在渣土大面积裸露、建筑垃圾不及时处理、施工区域未安装喷淋设施、进出车辆冲洗不到位等问题，影响空气质量。

固体废弃物处置问题

尽管固体废弃物处置率高，但废弃物排放基本达标，仍存在一定的环境污染风险。

区域环境问题

高台县在祁连山国家级自然保护区和湿地等方面存在生态环境问题，需要进一步整改和治理。

综上所述，高台县在生态环境保护方面面临多方面的挑战，需要从政策、资金、意识、监管等多方面入手，采取综合措施加以改善。