需要办理环保手续的企业和店铺主要包括以下几类：

污染严重的企业：

如制药、造纸、电镀、印染、有色等行业的污染严重企业需要办理环保批文。

生产加工类工厂：

所有生产加工类工厂均需要办理环保批文和消防批文等。

餐饮类店铺：

餐饮类店铺需要办理食品流通经营许可证，同时也要注意卫生方面的要求，可能还需要办理公共场所卫生许可证。

汽车修理厂：

汽车修理厂需要办理环保批文。

医院和科研单位：

这些机构也需要办理环保批文，以确保其生产过程不会对环境造成严重污染。

娱乐经营类：

如足疗、美容、美发、洗浴等需要办理公共场所卫生许可证和设立娱乐场所许可证。

网络文化经营：

需要办理互联网上网服务营业场所信息网络安全许可和网络文化经营许可证。

出版物经营：

需要到新闻出版局窗口办理出版物经营许可证。

音像制品经营：

需要到文化局窗口办理音像制品经营许可证。

金属制品加工制造：

仅切割组装的除外，需要办理环评手续。

塑料制品制造：

仅切割或分装的除外，需要办理环评手续。

印刷厂：

仅激光印刷的除外，需要办理环评手续。

食品制造：

手工制作、单纯分装或小作坊除外，需要办理环评手续。

电气机械及器材制造：

需要办理环评手续。

木器家具制造：

不涉及化学处理工艺且仅手工制作或采用旋切、锯、削（刨）、自然风干等工艺加工的除外，需要办理环评手续。

纸制品制造：

有化学处理工艺如使用胶粘剂的，需要办理环评手续。

大型污染源企业：

如钢铁、焦化、水泥、电力、化工等行业的大型污染源企业需要办理环保许可证。

危险废物处置企业：

包括危险废物的储存、运输、处理和处置单位，需要办理环保许可证。

危险化学品生产企业和经营企业：

生产和经营危险化学品的企业需要办理环保许可证。

化工、医药等行业的废水、废气排放企业：

需要办理环保许可证。

综上所述，需要办理环保手续的企业和店铺涉及多个行业和类型，建议相关企业根据自身行业特点和相关法规要求，及时办理相应的环保手续，以确保合规经营。