环保公司存在的缺陷主要包括以下几个方面：

计量方式存在误差：

废水站的计量方式存在缺陷，与流量计存在一定的误差，导致废水处理量的计量不准确。

环保处罚与监管不足：

尽管没有处罚单，但环保公司仍有两次超标排放，被环保局发劝诫书多次。此外，监管不到位和执法力度不够，导致部分企业能够逃避惩罚。

资源浪费与个人环保意识不强：

公司内部存在浪费水的现象，个人环保意识不强，在部分地方而且很严重。楼顶制备纯水产生的中水直接排放，没有得到合理的利用。

技术难题与信息共享不畅：

环保行业面临技术难题，缺乏对先进清洁生产技术的研究开发与应用。同时，信息不对称、技术难题以及公众参与度低也是环境保护行业所面临的困难。

腐败与失信问题：

一些环保企业在工程建设过程中存在贪污受贿、虚报数据等违法行为，严重破坏了环境保护行业的正常秩序。

经济约束：

由于投资回报周期长以及增加治理成本等原因，一些企业不愿意或无法积极采取环境保护措施，导致环境保护行业在发展过程中面临经济约束。

环保基础设施不完善：

许多地区的环保基础设施并不完善，例如在处理废水和固体废物方面，许多公司和政府机构缺乏适当的处理装置或投入有限，导致大量污染物未经有效处理直接排放。

监管体系存在缺陷：

监管体系亟待完善，相关法律法规制定滞后或执行不力，部分企业采用不合规的方式处理废弃物、污水排放等问题。

治理标准不统一：

各地区对于环境污染的治理标准存在差异，导致企业经营成本和环境质量之间的不均衡，有些企业可能选择将污染转移到环境标准较低的地方以降低成本。

简易低效设施与运维管理效率低下：

市场上存在大量简易低效的治理设施，这些设施往往无法达到预期的治理效果，甚至产生安全事故。此外，运维管理效率低下，排放浓度难以得到有效控制。

综上所述，环保公司在运营过程中存在多方面的缺陷，需要从技术、管理、监管等多个方面进行改进和提升，以确保环境保护工作的有效性和可持续性。