汶上县环境保护局是负责环境保护工作的县政府工作部门，其职能科室包括：

办公室：

组织协调局机关日常工作，负责局机关机要、会务、督办、保密和后勤保障工作，以及机关安全、保卫、卫生工作。

政工科：

协助领导做好干部职工的政治思想教育工作，负责局机关文电、人事、档案工作，综合性文稿的起草工作，党务工作，以及组织开展环境保护宣传教育工作。

财务科：

负责局机关财务和国有资产管理工作，加强对资金、各种票证、票据的管理，监督检查排污费的管理、使用工作，以及协助做好环境保护补助资金的争取工作。

监督管理科：

承担规划、政策、项目环境影响评价工作，负责对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的乡镇，暂停审批除污染减排和生态破坏恢复项目外所有建设项目环境影响评价文件的工作。负责建设项目环境影响评价报告审批、污染防治设施竣工验收、污染防治设施拆除或闲置许可工作。承担环境保护科技工作，管理环境保护科研项目和科技成果，指导和推动环保产业发展，参与指导和推动循环经济发展。拟定汶上县核安全和辐射安全政策、规划，参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作，监督管理核设施安全、放射源安全，监督管理电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治，负责放射性废物管理工作。

开发区（南站镇）环境保护办公室：

按照职责权限，负责开发区（南站镇）区域内建设项目环保手续审批、环境监管、排污费收缴和执法检查等项工作。

此外，汶上县生态环境保护综合执法大队（曾用名：汶上县环境监察大队）也负责依法行使区域内污染防治、生态保护、核与辐射安全的行政处罚权以及与行政处罚相关的行政检查、行政强制权等执法职能。

综上所述，汶上县环境保护局及其下属机构在环境保护方面承担重要职责，确保各项环保政策和法规得到有效执行。